能将空气中的惰性氮素转化为作物可直接吸收的离子态氮素。属于这一类的有根瘤菌肥料、固氮菌肥料、固氮蓝细菌肥料等
能分解土壤中的有机质，释放出其中的营养物质供植物吸收的微生物制品。
能分解土壤中难溶性的矿物，并把它们转化成易溶性的矿质化合物，从而帮助植物吸收各种矿质元素的微生物制品。其中主要的是硅酸盐细菌肥料和磷细菌肥料
对某些植物的病原菌具有拮抗作用，能防治植物病害，从而促进植物生长发育的微生物制品，如某些芽孢杆菌制剂和抗生菌肥料等
菌根菌肥料。使用的菌种主要是内囊菌科的一些种类形成的丛枝状菌根，此外还有部分担子菌和少数子囊菌形成的外生菌根
复合生物肥料：
① 微生物一微量元素复合肥料
②联合固氮菌复合肥料
③ 固氮菌、根瘤菌、磷细菌和钾细菌复合生物肥料
④ 有机－无机生物复合肥料
⑤多菌株、多营养生物复合肥料
